汉十一年，陈豨反于代地，汉高祖刘邦率军亲征至邯郸。平叛之事尚未结束，淮阴侯韩信在关中被诬谋反，吕后采用萧何的计策，将韩信诱杀于长乐宫钟室，并夷灭三族，事在《淮阴侯列传》。刘邦听说韩信被杀，且喜且怜之。刘邦派使者拜丞相萧何为相国，加封五千户，并令士卒五百都尉一人为相国尉。许多人都来祝贺萧何，召平独吊。
召平是秦朝时的东陵侯。秦朝亡国后，他沦为平民，因家贫，所以在长安城东种瓜，瓜味甜美，世称“东陵瓜”。召平对萧何说，你的祸患要开始了。皇帝统军暴露于外，而您留守朝中，未遭战事之险就增加封邑并置卫者，这是因为韩信在京城谋反，陛下对您也有所怀疑啊。给你这些荣誉并非宠信，而是为了稳住你。希望您辞让封赏不受，把家产都拿出来佐助军资，万岁才会高兴。萧何听从了这个计谋，刘邦乃大喜。
汉十二年秋，黥布反，刘邦又御驾亲征，在前线多次派人询问萧相国在做什么。萧何因为皇帝在军中，就在后方努力安抚百姓，把自己的家财全都捐给军队，和讨伐陈豨时一样。这时有门客劝他说，您快要被灭族了。您位居相国，在朝廷上功劳第一，还能够再加封赏吗？当初您刚入关中就深得民心，至今十多年了，民众都亲附您，您还是那么勤勉做事，受百姓爱戴。皇上之所以屡次问您的情况，就是怕您倾动关中。您何不强买田地，表现出贪财的样子以自污，这样陛下才能对您放心。于是萧何依计而行，上乃大悦。
刘邦征讨黥布（即英布），黥布败死。回军途中，百姓拦路上书，说相国低价强买百姓田地房屋数千万。刘邦回到京城，萧何进见。高祖笑着说，你身为相国竟是如此“利民”啊！然后把告发他的材料都交给他自己处理，说你看着向百姓谢罪吧。
萧何为百姓请求说，长安地狭，皇家的上林苑中有很多空地，废弃荒芜，不如给百姓们耕种。刘邦以为萧何收买人心，不禁大怒说，你收了商人多少财物，竟敢替他们说话，请求占用我的上林苑！命人把萧何交给廷尉治罪，械系之。
几天以后，一个姓王的卫尉侍奉刘邦时问道，相国犯了什么大罪，陛下这么严厉地拘禁他？刘邦说，我听说李斯辅佐秦始皇时，有了好事都归于主上，有什么过错都自己承担。如今相国多受奸商钱财而为他们请求占用我的上林苑，以此来讨好百姓，故系治之。
王卫尉说，官员在自己职责范围内，如果有利于百姓而请之，这就是宰相分内的事，陛下怎么怀疑相国收受钱财呢！况且陛下距楚数年，陈豨、黥布反叛时，陛下都是亲自带兵前往平叛，当时相国留守关中，那时他要是有异心的话，国家恐怕就非陛下所有了。相国不趁着这个时机为己谋利，现在却贪图商人的钱财吗？再说秦始皇正是因为听不到自己的过错而失去天下，李斯为君分过，又如何值得效仿呢？
刘邦听了不高兴，但还是在当天派人持节赦免了萧何。萧何已经上了年纪，一向恭谨，入见刘邦免冠徒跣谢罪。刘邦说，算了吧！相国为民众请求林苑，我不答应，百姓不过评论我是桀纣那样的君主，而会评价你是个贤相。我之所以把你拘禁起来，就是想让百姓们知道一下我的过错。
汉殿论功图在汉初大臣中，萧何一向跟曹参不睦，到萧何病重时，汉惠帝亲自去探视病情，趁便问，如果您不幸去世，谁可以接替您呢？萧何回答说，“知臣莫如主。”汉惠帝问，曹参怎么样？何顿首曰：“帝得之矣，臣死不恨矣！”曹参时为齐相，听说萧何病重，就让手下人准备行装，说我要进京为相了。谚曰：知人智者，自知者明，汉初功臣身名俱存者皆为明智之人。
萧何购置田宅必定选择贫苦偏僻之处，建造家园不修筑高大的围墙。他说，如果我的后代贤能，就学习我的俭朴；后代不贤能，（田宅破弊）可以不被势家夺取。汉惠帝二年，相国萧何去世，谥曰文终侯。
萧何的后代因为有罪而失去封爵的有四世，每次爵位断绝时，汉天子都再寻求萧何的后代，续封为酂侯，功臣莫得比焉。
司马迁评价说，萧何在秦朝时仅是个小吏，没有什么惊人的作为。等到汉室兴盛，萧何攀龙附凤，谨守职责，因民众痛恨秦朝苛法而顺应大势，除旧更新。韩信、黥布等将领都被诛灭，而萧何的功勋更显昭彰，为汉初功臣之冠，声望延及后世，在史册上与历代开国功臣并列不朽。
索隐述赞：萧何为吏，文而无害。及佐兴王，举宗从沛。关中既守，转输是赖。汉军屡疲，秦兵必会。约法可久，收图可大。指兽发踪，其功实最。政称画一，居乃非泰。继绝宠勤，式旌砺带。