司马迁，字子长，西汉夏阳（今陕西省）人。出生于史官世家，自周朝开始，他的先祖就担任王室太史，掌管文史星卜。
他的父亲司马谈是一个博学多才之人。司马迁六岁时，随父亲来到长安，当时他的父亲是汉朝的太史令。十岁时，司马迁已经读了很多的古代书籍。十九岁时司马迁为补博士子弟。
读万卷书，行万里路。在父亲的支持下，司马迁从二十岁就开始漫游全国。通过游历调查各地风俗民情，实地考察名山大川，搜集遗闻轶事等，获得了许多从古籍当中得不到的历史材料，为后来《史记》的著述打下了坚实的基础。
司马迁回到长安后，武帝对他非常重视。不久就命他担任郎中，这是“掌守门户，出充车骑”的官。因此，他可以经常随汉武帝到各处巡视。
公元前年，司马迁之父病重，临终前嘱咐儿子说:“我死后，你一定为太史。做了太史后，千万要记着我的遗愿”。说完就与世长辞了。
司马谈的遗愿就是要编写一部通史，把明主贤君，忠臣义士的事迹记下来。虽然生前他已经做了一些准备，但却没机会去编写了，只有把这份重担交给儿子，让儿子帮他完成。
公元前年，司马迁正式继任父亲的职位成为太史令。汉武帝虽然平时都在忙政事，但只要一有空，就会来检查司马迁的工作。有一天，他翻看司马迁的史书草稿，看到对汉朝记录时，非常恼火，对司马迁说:“你怎么把我们伟大而英明的汉高祖写成了一个流氓，把项羽描述成了一个英雄？”司马迁说:“高祖的性格本来就是如此，这是无可争议的事实。再说，他由平民最后成为皇帝，这岂不是更说明了他的伟大吗？对于项羽，臣认为他也很伟大，因为他在抗击暴秦的过程中贡献很大”。司马迁说得振振有词，武帝也无话可说。
武帝继续往下看，到了汉景帝时，武帝又有些不高兴了。因为司马迁写到:“……及三子更死，故孝景得立。”原来景帝并非文帝长子，按照规矩他是做不了皇帝的。但由于他上面的三个哥哥都死了，所以景帝才登上了皇位。同样，武帝登上皇位也颇受争议，因为他也不是景帝的长子。所以他希望司马迁将景帝和自己登上皇位写成是历史的必然趋势。
虽然武帝暗示司马迁修改历史，但他出于一个史学家的良知，并没有照做。对此，武帝对他多少有点不满意了。
在当太史令的前几年，司马迁的生活波澜不惊，但是正在他全心著述的时候，一场人生灾难正在悄悄降临。
公元前99年，武帝派李广利和李陵出击匈奴。李陵率五千步卒，转战一千多里，杀敌几千人，最后因遭匈奴八万骑兵围攻，寡不敌众，在矢尽粮绝的情况下，被迫投降匈奴。消息传到长安，武帝震怒。朝廷文武百官都大骂李陵投降可耻，只有太史令司马迁不说话。武帝问他对此事有何看法，性情耿直的司马迁直言不讳地说:李将军以五千步兵剿灭万余匈奴骑兵，这已经很难得了。如果不是孤军奋战，敌我力量悬殊太大，再加上矢尽粮绝，他是绝不会投降的。当然，李将军也未必是真降，也许他以后还会借机为我汉朝作内应呢！
司马迁的看法是客观的，可是盛怒的汉武帝哪里还能听得进这番话。他认为司马迁在故意贬低当时正在攻打匈奴的李广利之功，而为李陵开脱罪责，因此把司马迁下狱论罪，判了死刑。
在狱中，司马迁受尽了折磨。在当时，判了最的人可以出钱赎罪。但司马迁家里穷，根本拿不出这笔钱，最后免了死罪，受了宫刑（阉割男子的生殖器）。使司马迁精神上受到了极大的刺激，内心万分痛苦。为此他曾想到自杀，无奈父亲的夙愿还未完成。经过内心的煎熬后，终于决定忍受屈辱活下去。
汉武帝于公元前96年大赦天下。司马迁被赦出狱，此时，他已经是年过半百的人了。出狱后武帝让他担任中书令。但经过了无数磨难的司马迁早已不在乎这些，对于朝廷的事他不再过问，把自己的全部心思放在著书上。
公元前93年，司马迁历时十八年终于完成了巨著《太史公书》即《史记》。而司马迁在公元前87年前后去世。
《史记》完成之后，当时并没有刊行。直到汉宣帝时，才由司马迁的外孙平通侯整理问世。