《史记》在魏晋时代以传抄大局广为宣传，但各本文字多不不异。南朝宋时，裴骃著《史记集解》。至唐朝，司马贞做《史记索隐》，张持志做《史记公理》，这就是现存最先最有影响的“《史记》三家注”。三家注原来各自单行，宋时呈现了将二家的注释一并散入《史记》正文下的刻本，即《史记集解索隐》合注本。二家注本现存三种，即南宋乾道七年建安蔡梦弼东塾刻本、淳熙二年张杅刻本和淳熙八年耿秉重刻张杅本。学界遍及觉得蔡梦弼东塾本是现存最先的刻本。
以东塾本为蓝本，宋人又将《史记公理》与二家注同刻，组成《史记集解索隐公理》合注本，俗称“《史记》三家注本”。现存最先的合刻本是南宋庆元建安黄善夫刻本，上包容芬楼《百衲本二十四史》之《史记》即据当前本影印。由黄本所出的有元彭寅翁刻本、明廖铠刻本、柯维熊刻本、王延喆刻本、秦藩刻本、清同治年间崇布告局覆刻王延喆刻本、同治年间金陵书局刻张灯谜校本。张灯谜校本是官板善本佳构，年中华书局即据此本出书标点本，并成国表里刊行量最大、最有影响力的《史记》版本。以东塾本为母本的另一支，最先的则是蒙古中统二年刻本，由中统本所出的有明游明刻本、明建阳慎独斋刻本、明建宁官刊本以及元盛德年间刻本。从盛德本又分出明南京国子监刻本和北京国子监刻本。清乾隆四年武英殿刻本则从北监本出。殿本《史记》订正卓越，有首创之功。
除二家和三家注本外，《史记》尚有两种版本系统：第一系为宋刻十行本。第二系约有四种，离别为南宋绍兴年间杭州十四行刊本、南宋孝宗年间建阳刊本、南宋绍兴十年朱中奉刊十二行本和南宋绍兴年间淮南东路转运使司刻九行本。别的，《史记》还存有一种明末汲古阁《十七史》本。此本为单集解本，蓝本不详。清同治年间五局合刻《二十四史》之《史记》即据此本翻刻。
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