《史记》成书以来，对后世的纪传体史书影响很深，以至于历朝正史皆采用这种体裁撰写。而且对文学的发展都产生了深远影响，被鲁迅誉为“史家之绝唱，无韵之《离骚》”，有很高的文学价值。刘向等人认为此书“善序事理，辩而不华，质而不俚”。
在《史记》中，司马迁专门辟二章，详细叙述孔子及孔子弟子，而且把孔子列为“世家”之一，极高地推崇了孔子的地位。一是《孔子世家第十七》，专述孔子生平、言行，一是《仲尼弟子列传第七》，专述孔子弟子言行。然不仅于此，司马迁还在众多的篇章中引用和评说孔子的言论，大大丰富了《史记》的内容，表达了他对孔子所作贡献的尊重和敬礼。
在《太史公自序第七十》中，“迁生龙门，耕牧河山之阳。年十岁则诵古文。二十而南游江、淮，上会稽，探禹穴，闚九疑，浮于沅、湘；北涉汶、泗，讲业齐、鲁之都，观孔子之遗风，乡射邹、峄；戹困鄱、薛、彭城，过梁、楚以归。于是迁仕为郎中，奉使西征巴、蜀以南，南略邛、笮、昆明，还报命。”
在这一段中，司马迁叙述自己生平时，曾专程到孔子游学地汶、泗，在齐、鲁之都研习，学习当地礼仪，特地观察学习孔子在当地之遗风。这里虽然不是中国文明的起源，但孔子对那里文化的兴盛功不可没，影响广远。
“幽厉之後，王道缺，礼乐衰，孔子修旧起废，论诗书，作春秋，则学者至今则之。自获麟以来四百有余岁，而诸侯相兼，史记放绝。”司马迁感慨孔子在世时，“修旧起废，论诗书，作春秋”，学者纷纷效仿。但孔子过世后，“史记放绝”，在对史记废除悲哀的同时，肯定了孔子的功绩。
“太史公曰：‘先人有言：“自周公卒五百岁而有孔子。孔子卒后至于今五百岁，有能绍明世，正易传，继春秋，本诗书礼乐之际？”意在斯乎！意在斯乎！小子何敢让焉。’”司马迁肯定孔子对后世的影响。
“上大夫壶遂曰：‘昔孔子何为而作春秋哉？’太史公曰：‘余闻董生曰：“周道衰废，孔子为鲁司寇，诸侯害之，大夫壅之。孔子知言之不用，道之不行也，是非二百四十二年之中，以为天下仪表，贬天子，退诸侯，讨大夫，以达王事而已矣。”子曰：“我欲载之空言，不如见之于行事之深切著明也。”夫春秋，上明三王之道，下辨人事之纪，别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖，存亡国，继绝世，补敝起废，王道之大者也。’”司马迁肯定孔子所作《春秋》的作用。
当然，在《史记》这部伟大的作品中，司马迁不只在《太史公自序》中肯定孔子的作用，他在其它篇幅中也多次提及，或引用孔子说过的话，或赞美孔子在史记、政治、教育等方面的巨大贡献。
在《三代世表第一》,“孔子因史文次春秋，纪元年，正时日月，盖其详哉。”“夫子之弗论次其年月，岂虚哉！”“孔子曰：‘昔者尧命契为子氏，为有汤也。命后稷为姬氏，为有文王也。大王命季历，明天瑞也。太伯之吴，遂生源也。’天命难言，非圣人莫能见。”
在《五帝本纪第一》，“孔子所传宰予问五帝德及帝系姓，儒者或不传。”和在《夏本纪第二》，“孔子所传宰予问五帝德及帝系姓，儒者或不传。”
在《殷本纪第三》，“孔子曰，殷路车为善，而色尚白。”都是司马迁肯定了孔子的严谨。
在《秦始皇本纪第六》，“始皇长子扶苏谏曰：‘天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。’”
在《十二诸侯年表第二》，“是以孔子明王道，干七十余君，莫能用，故西观周室，论史记旧闻，兴于鲁而次春秋，上记隐，下至哀之获麟，约其辞文，去其烦重，以制义法，王道备，人事浃。七十子之徒口受其传指，为有所刺讥襃讳挹损之文辞不可以书见也。鲁君子左丘明惧弟子人人异端，各安其意，失其真，故因孔子史记具论其语，成左氏春秋。”
在《天官书第五》，“是以孔子论六经，纪异而说不书。至天道命，不传；传其人，不待告；告非其人，虽言不著。”
在《鲁周公世家第三》，“余闻孔子称曰‘甚矣鲁道之衰也！洙泗之间龂龂如也’。”
在《陈杞世家第六》，“孔子读史记至楚复陈，曰：‘贤哉楚庄王！轻千乘之国而重一言。’
在《宋微子世家第八》，“孔子称‘微子去之，箕子为之奴，比干谏而死，殷有三仁焉’。春秋讥宋之乱自宣公废太子而立弟，国以不宁者十世。”
在《晋世家第九》，“孔子读史记至文公，曰‘诸侯无召王’、‘王狩河阳’者，春秋讳之也。”
在《田敬仲完世家第十六》，“盖孔子晚而喜易。易之为术，幽明远矣，非通人达才孰能注意焉！”
在《伯夷列传第一》，“孔子序列古之仁圣贤人，如吴太伯、伯夷之伦详矣。余以所闻由、光义至高，其文辞不少概见，何哉？”
在《吕不韦列传第二十五》，“而吕不韦由此绌矣。孔子之所谓‘闻’者，其吕子乎？”
在《儒林列传第六十一》，“故孔子闵王路废而邪道兴，於是论次诗书，修起礼乐。……故因史记作春秋，以当王法，其辞微而指博，後世学者多录焉。”
在《滑稽列传第六十六》，孔子曰：‘六艺于治一也。礼以节人，乐以发和，书以道事，诗以达意，易以神化，春秋以义。’”这些都司马迁孔子对历史的贡献。
在《史记》中，还有很多的地方讲到孔子，司马迁已经把孔子当作那个时代的标志性人物，肯定孔子对历史、对人文、对政治等不可或缺的作用和潜移默化的影响。显而易见，孔子不仅影响了一代代史学家、思想家、教育家，更影响了历史长河中和我们每一个人。
这是一个伟大的史学家对中国最杰出思想家、政治家、教育家的礼赞，这是一个伟大的史学家对中华浩瀚、悠久历史的尊重，这是一个伟大的史学家对历史使命的责任担当。两个伟人虽然生活在不同时代，但他们在《史记》这部伟大的作品中相映成辉，绽放出中国文化史上最璀璨的光芒。