二世皇帝元年(前)，胡亥二十一岁。赵高官居郎中令，掌理国家要事。二世下诏书，增加始皇陵庙的祭牲和山川祭祀的礼数。命令群臣讨论尊崇始皇庙号的事。群臣都叩头劝说道“：从前天子七庙，诸侯五庙，大夫三庙，就是万世以后也不能废除。现在始皇庙至高无上，四海之内都进献贡品，增加祭牲，礼数完备，不让有人超过。先王陵庙有的在西雍，有的在咸阳。依照礼仪，天子应当亲自捧酒祭祀始皇庙。从襄公以下的庙依次废除。现在所设置的祖庙共七座。
群臣依礼前去祭拜。推尊始皇庙为皇帝始祖庙。皇帝还是自称为‘朕’。”二世和赵高商量说：“我年纪轻，刚即位不久，老百姓尚未归附。先皇帝巡视各郡县，以显示强大，神威震服海内。现在我安然不动，不外出巡视，就是示弱，这样，将无法统治天下。”春天，二世皇帝到东方巡视各郡县，李斯随从。抵达碣石，沿着海，往南行，到会稽，将从前始皇所竖立的石碑全部刻上字，石旁附刻了随从大臣的名字，以显示始皇的功业盛德。
皇帝说“：金石镌刻全是当年始皇帝所做。如今袭用皇帝年号，而金石镌刻的文字却不称始皇帝，以后年岁久了，好像这些事是后代继位皇帝做的，不能显示始皇帝的丰功美德。”丞相李斯、冯去疾，御史大夫德冒死进言：“我们请求把这道诏书完整地刻在刻石上，这就明白了。我们冒死恳请。”皇帝批复道：“可以。”于是到辽东就返回了。
这时二世遵照赵高的计谋，申张法令。便背后与赵高商议说：“大臣不服从，官吏还强硬，再加上那些公子必然与我争权，怎么办呢？”赵高说：“我本来愿意讲但不敢开口。先帝的大臣，都是国内经历几代有名望的贵人，积累功劳，世代相传，时间持久。现在我一向微小卑贱，侥幸得到陛下抬举，使我官居上位，管理宫廷事务。大臣们怏怏不乐，只不过表面顺从我，其实内心不服气。
如今皇上外出巡视，何不趁这机会把郡县守尉中犯罪的杀掉，这样，就大处说，可以威震天下，从小处讲，可以除去皇上生平所不满意的人。现今时势不效法文治而取决于武力，希望陛下立即顺时依势，不要犹豫，趁群臣来不及谋划。英明的君主收罗提拔被遗弃的人，卑贱的尊贵他，贫穷的富裕他，疏远的亲近他，那么，就可以上下归附，国家安泰了。”二世说：“很好。”于是诛杀大臣和皇子们，用种种罪名接二连三地逮捕近侍小臣，中郎、外郎、散郎，没有一个能幸免，在杜地杀戮六个皇子。
皇子将闾兄弟三人，被囚禁在内宫，判罪放在最后。二世派遣使者命令将闾说：“你们臣子不像臣子，论罪当死，官吏要执行判决了。”将闾说：“宫廷的礼仪，我从来不敢不服从宾赞，朝廷的位次，我从来不敢失掉礼节，奉命对答，我从来不敢乱用措辞，怎么说臣子不像臣子呢？我请求知道自己的罪名再死。”使者说：“我不能参与其议，只是奉诏书办事！”于是，将闾仰天大叫三声，说“：苍天啊，我没有罪！”兄弟三人都痛哭流涕，尔后拔剑自刎。
从此，皇室震惊恐慌，群臣劝谏的被认为是诽谤，大臣们为保持禄位，只能谄媚奉承，百姓震惊万状，诚惶诚恐。四月，二世回到咸阳，说“：先帝因为咸阳朝廷小，所以营建阿房宫。宫室还未做成，遇上皇上逝世，只得停止工程，到郦山填土。
郦山工程已结束，现在放史记下阿房宫不完成，就表明先帝做事有过错。”于是恢复营建阿房宫。对外安抚四方民族，一切按始皇的计策行事。全部征发身强力壮的五万人到咸阳驻防保卫，命令教习射箭、训养狗马禽兽。每天吃的多，估计存粮不够，下令向郡县征调粮食和饲料，转运人员都要自带粮食，咸阳三百里内，百姓不能吃自己种的稻谷。执行更加严厉苛刻。
七月，戍卒陈胜等在楚地起兵谋反，号称“张大楚国”。陈胜自立为楚王，居守在陈，派遣部将攻略各地。山东郡县青年苦于秦朝官吏的迫害，不能忍受，都杀死当地的郡守、郡尉、县令、县丞，起来造反，响应陈涉，相互立为诸侯王，联合兵力，向西进军，号称讨伐秦朝的，多到无法计算。谒者出使东方回来，把造反的事报告二世。二世恼怒，把使者下交法官处置。以后使者到了，皇上问，使者回答说“：一群盗贼而已，郡县守尉正在捕捉，现今全部抓到，不必忧虑。”二世非常高兴。
这时，武臣自立为赵王，魏咎立为魏王，田儋立为齐王。沛公在沛县起义。项梁在会稽郡起兵。二年(前)冬，陈涉所派遣的周章等部将西进到戏水，有几十万兵。二世大惊失色，与群臣商议说：“怎么办？”少府章邯说：“盗贼已到，人数多，实力强，现在征发附近各县兵力已来不及。郦山刑徒多，请赦免他们，发给兵器击退盗贼。”于是，二世大赦天下，命令章邯率兵，把周章军队打得大败，到处逃窜，在曹阳杀掉周章。
二世增派长史司马欣，董翳辅助章邯反击盗贼，在城父杀了陈胜，在定陶攻破项梁，在临济消灭魏咎。楚地盗贼都已死去，章邯于是北渡黄河，到巨鹿攻打赵王歇等人。赵高游说二世说“：先帝登位统治天下时间长，所以群臣不敢做坏事，进谗言。现在陛下正值年少，又刚即位，怎么能与公卿在朝廷上决定大事呢？事情要是有错，是向群臣暴露短处。
天子称朕，本来就不听别人的声音。”于是二世常居深宫，与赵高决定各种大事，以后公卿很少能够朝见皇上。盗贼日益增多，而关中兵卒征发到东方抗击盗贼就无法停止。右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫劝谏二世。二世说：“今我即位二年时间，群盗纷起，你们不能禁止，又想停止先帝所做的事业，这是上不能报答先帝，下不能为我尽忠竭力，凭什么占据高位呢？”于是，把冯去疾、李斯、冯劫下交狱吏，审讯并追究其他罪责。
冯去疾、冯劫说：“将相不能受侮辱。”自杀了。李斯被囚禁，最后受五刑而死。三年(前)，章邯等人率兵包围巨鹿，楚国上将军项羽率领楚军去援救巨鹿。冬天，赵高担任丞相，竟审讯李斯案件，把他杀了。夏季，章邯等人屡次战败后撤，二世派人责备章邯，章邯害怕，派长史司马欣请示。赵高不见，也不批示。司马欣害怕，逃走，赵高派人追捕，没有追到。 司马欣见章邯说“：赵高在朝中总揽大权，将军有功也杀，无功也会被杀。”这时，项羽的军队加紧进击秦军，俘虏了王离，章邯等于是带兵投降诸侯。
八月己亥日，赵高想作乱，害怕群臣不听使唤，就先设法作试验，牵了一只鹿献给二世，说：“这是一匹马。”二世笑着说：“丞相错了吧？称鹿作马。”赵高问左右大臣，大臣有的沉默不语，有的说是马以阿谀顺从赵高。有的就说是鹿，赵高暗中用法严办那些说是鹿的人。从此以后，群臣都畏惧赵高。
赵高以前多次说“：关东盗贼不会有什么作为”，等到项羽在巨鹿城下俘虏秦将王离等并继续前进，章邯等部多次败退，才上书请求增兵援助。 燕、赵、齐、楚、韩、魏都自立为王，从函谷关以东，到处都有人杀死秦的官吏，响应诸侯，诸侯们都率领自己的兵众向西推进。沛公率领几万人已杀进武关，派人暗中会见赵高，赵高害怕二世生气，遭到杀身之祸，就推说生病，不肯朝见。二世梦见白虎咬了他的左骖马，他杀了它，心中不快，感到奇怪，便问占梦的人。
卜辞说：“泾水神作怪。”二世便在望夷宫斋戒，想拜祭泾水神，沉下四匹白马。派遣使臣以盗贼的事责备赵高。赵高惧怕，就暗中与他的女婿、咸阳县令阎乐、他的弟弟赵成商议说：“皇上不听规劝，现在事情紧急，想要嫁祸于我们家族。我想更换天子，另立公子婴。子婴仁爱俭朴，百姓都拥戴他的言论。”于是让郎中令作内应，诈称有大强盗，命令阎乐召集官吏调动人马，又劫持阎乐的母亲，安置在赵高家中。
派阎乐率官兵一千多人到望夷宫殿门，绑缚卫令仆射，说“：盗贼进到宫里来了，为什么不阻止？”卫令说：“房子周围设置有卫士，防守十分严谨，盗贼怎么敢进宫？”阎乐斩杀卫令，领着官兵直冲进去，边走边射箭，郎官宦官大惊失色，有的逃走，有的抵抗，抵抗的就杀，死了几十人。郎中令和阎乐一道进入，用箭射二世的帷幄。二世大怒，命令左右卫士抵抗，左右卫士都惶恐惊惧，不敢动手。旁近有一个宦官陪侍二世，不敢离开。
二世进入内室，对他说：“你为什么不早告诉我？竟然落到这个地步！”宦官说：“我不敢说，所以保全了性命，假如我早说，早已被杀，那能活到今天？”阎乐上前，当着二世的面数落说：“你骄狂放纵，诛杀无辜，暴虐无道，天下都背叛你，你自己拿主意。”二世说“：丞相能够见一见吗？”阎乐说“：不能。”二世说“：我愿得一个郡，降身作郡王。”不允许。二世又说：“愿意作万户侯。”不允许。二世最后说：“我愿意与妻子儿女做老百姓，与诸公子同等。”阎乐说：“我接受丞相命令，替天史记下杀死你，你即使说得再多，我也不敢报告。”于是指挥他的士兵上前，二世自杀了。
阎乐回去报告赵高，于是赵高召集全部大臣公子，把诛杀二世的情况告诉他们。说：“秦本来只是诸侯，始皇统一天下，所以称帝。现在六国又各自独立，秦国地方更狭小，竟然以空名称帝，不行。应该像以前一样称王，才合适。”于是立二世哥哥的儿子子婴为秦王。用平民的礼仪在杜南宜春苑中埋葬了二世。令子婴斋戒，到宗庙参拜祖先，接受国王玉玺。斋戒五天后，子婴和他的两个儿子商量说：“丞相赵高在望夷宫杀了二世，害怕群臣诛杀他，便假装申张正义立我为王。我听说赵高竟与楚相约，灭掉秦的宗族后在关中称王。如今让我斋戒朝见宗庙，这是想在宗庙趁机杀掉我。我装病不去，丞相必定亲自来请，来了就杀死他。”赵高几次派人请子婴，子婴不去，赵高果然亲自前往，说“：朝见宗庙有关国事，君王为什么不去？”子婴就在斋宫刺杀了赵高，诛灭了赵高三族，并在咸阳示众。
子婴当了四十六天秦王，楚将沛公击败秦军，进入武关，抵达霸上。派人约子婴投降。子婴脖子上系着绶带，乘着白马素车，捧着天子的玉玺符节，在轵道旁投降。沛公于是进入咸阳，封闭宫室府库，回军霸上。一个多月后，诸侯的大军来到，项籍作为合纵国首领，杀了子婴以及秦的公子、宗室。接着屠杀咸阳，烧毁宫室，掳掠儿童妇女，没收财物珍宝，诸侯共同瓜分。灭了秦以后，把秦地一分为三，名为雍王、塞王、翟王，号称“三秦”。项羽为西楚霸王，独自作主，划分天下，封诸侯王。
秦朝终于灭亡了。又过了五年，天下由汉朝统一。