关于秦始皇去世，《史记·秦始皇本纪》当中仅有“七月丙寅，始皇崩于沙丘平台”短短几个字，然而他去世的过程却显然不是如此简单，从平原渡口病倒到沙丘平台病逝，这期间到底发生了什么事，秦始皇的真正死因究竟如何，自古以来便争论不休，然而真相却已经无人能知。
秦始皇巡游天下，却病逝于东巡归途
秦始皇三十七年（前年）十月，秦始皇开始了他人生最后一次出巡，左丞相李斯陪同前往，右丞相冯去疾留守咸阳。而最受他喜爱的小儿子胡亥也要求随父皇出游，秦始皇欣然准许。
十一月，秦始皇的队伍到达云梦，秦始皇先是遥祭了葬在九嶷山的舜帝。之后，队伍乘船顺长江而下，游览了籍柯，经过丹阳来到了钱塘。因钱塘江潮波涛汹涌，于是向西绕行一百二十里渡江，登上会稽山，祭祀了舜帝，并在海边巨石刻下自己的功绩。
秦始皇出巡完事之后，秦始皇开始踏上归途，经过吴地，从江乘县渡过长江，沿海北上，抵达琅邪，于此找来多年寻仙药未果的徐福，徐福谎称海上遇到大鱼阻挡，因而未能成行。秦始皇于是命人携带攻弓箭出海，果然见到大鱼，将其射杀后令徐福继续出海求药，而自己则沿海西行。
然而，当出行队伍到达平原渡口时，秦始皇却病倒了，御医们对此无能为力，于是他令蒙毅折回会稽祷告山川，自己则带领大队人马迅速向咸阳赶去。可是如此一来，在用药无果的情况下，再加上旅途劳顿，秦始皇的病情愈加严重，时常陷入昏迷。
胡亥清醒之际，秦始皇写了一封“与丧会咸阳而葬”的信给公子扶苏，加盖玉玺后留在了中车府令赵高处。在渡过黄河时，秦始皇再次因病昏倒，后脑不慎撞在了青铜冰鉴上，这次撞击导致秦始皇的病情愈加严重，从此昏迷不醒。
次日，丞相李斯、中车府令赵高、秦始皇幼子胡亥前来探望，却发现秦始皇已经去世多时。君王死在外面，且继承人还为确立，这是一件极为危险的事情。李斯为了避免出现意外，于是隐瞒了秦始皇驾崩的消息，把始皇的尸体安放在一辆既能保温又能通风凉爽的车子中，百官奏事及进献饮食还像往常一样，宦官就假托皇帝从车中批准百官上奏的事。
后面的事情我们都知道了，赵高、胡亥联手搞定李斯，三人拟定了一份“要求扶苏和蒙恬自尽”的假诏书传给公子扶苏，扶苏因此而死，蒙恬虽未自尽，却被囚禁。胡亥则返回咸阳继位，是为秦二世。
秦始皇到底因何而死
关于秦始皇之死，虽然《秦始皇本纪》、《李斯列传》、《蒙恬列传》等史料中均有记载，但并未涉及到其真正死因。因而，自古以来史学界关于此就有两种截然不同的观点，一说死于疾病，一说死于非命。
1、死于疾病。这种观点认为，秦始皇自幼便体质较弱，这应该与其幼年长期滞留赵国的经历有关。而在其继位之后，又过于勤政，每日批阅文书多达一百二十斤，工作过于劳累，而且从秦始皇末年的表现来看，身体有恙的情况秦始皇自己是心知肚明的。再加上出巡旅途劳累，最终致使其在平原渡口患病后一病不起。
至于其到底死于何病，目前有观点认为可能是死于癫痫和脑膜炎，癫痫发作一般分四个时期：起初头晕、胃部不适，继尔突然意识丧失，隔肌痉挛，面色青紫、瞳孔散大、呼吸暂停，然后全身肌肉抽动、口吐白沫，最后数十分钟才能清醒。郭沫若根据《史记·秦始皇本纪》记载“秦王为人蜂准，长目，鸷鸟膺，豺声，少恩而虎狼心……”推测秦始皇幼时患有软骨症，时常患着支气管炎，所以他长大后胸部和鸷鸟一样，声音似豺狼，后来由于政务繁重，引发脑膜炎和癫痫等病症。后来秦始皇渡黄河，癫痫病发作，后脑壳撞在青铜冰鉴上，加重了脑膜炎的病情，人处于昏迷状态；当车赶到沙丘后第二天，赵高、李斯发觉秦始皇已死去多时。
2、死于非命。这种观点主要是根据史料记载推敲得出，因为在秦始皇死亡前后的记载中，的确有诸多疑点。例如蒙毅作为出巡队伍的一员，主要负责的就是队伍的安全，可秦始皇病倒之后，为何他反而被以“祷告山川”为由遣走，而且目的地还是远在南方的会稽山。又例如秦始皇死后赵高、李斯、胡亥等人篡改诏书，勒令扶苏、蒙恬自杀。再者，根据现代医学的经验来看，从脑膜炎发作导致昏迷不醒，再到致人死亡应该会有数周时间，可秦始皇在第二天却突然就死了，时间上很是蹊跷。
由于秦始皇死亡前后身边人员太少，因此即使太史公司马迁也无法真正考证出真实情况，后世之人再想探知真相无疑更为困难，目前的结论基本全为推测，并没有直接证据。事情的真相，要么早已消失在了历史长河当中，要么只能等秦始皇陵相关资料的出土了。