两汉时期，司马迁的著作一直被世人称呼为《太史公书》、《太史公》、《太史公记》、《太史迁》，比如，西汉末期的扬雄就说：“或问《周官》？曰：立事。《左氏》？曰：品藻。太史迁？曰：实录。”扬雄这里说的“太史迁”，就是指意的司马迁的《太史公书》。同时，扬雄又说：“淮南说之用，不如太史公之用也。太史公，圣人将有取焉；淮南，鲜取焉尔。”扬雄这里说的“太史公”，也是指司马迁的《太史公书》，“淮南”则是指今人所看到的《淮南子》。
扬雄是西汉末期的最著名学者，他在西汉末期依然将今人所知的《史记》称之为《太史公》、《太史迁》，说明西汉王朝一直就是如此称呼司马迁著作的。同时，扬雄对于司马迁著作的“实录”文风评价以及他将《太史公》与《淮南》的对比评述，也透露出了一个重要信息，即，扬雄肯定全本阅读过司马迁遗留在国家图书馆之中且一直被禁闭的《太史公书》！因为，根据史载，一直到西汉末期，司马迁的《太史公书》的副本都是被朝廷严令禁闭在天禄阁等官方图书档案馆中的。
汉宣帝时代，司马迁外孙杨恽曾经私自在社会上传播《太史公书》，后来，杨恽被冠以其它罪名而遭朝廷诛杀，再加之汉宣帝时代的纸张稀少和昂贵，竹简抄本体积庞大，因此，即使是杨恽向社会上私传有《太史公书》抄本，其也绝对不可能是全书。所以，我们可以肯定地说，一直到西汉王朝末期，《太史公书》的流传也甚为稀罕，当时能够阅读到《太史公书》全本的，恐怕只有扬雄这种极个别的可以自由出人朝廷图书馆中的大学者了。得出这个结论，对于我们考证《史记》、《汉书》的真伪问题，非常重要！
问世于84年左右的《汉书》中，也是称呼司马迁的著作是《太史公》、《太史公记》、《太史公书》，比如，《汉书·艺文志》说：“《太史公》百三十篇。十篇有录无书。冯商所续《太史公》七篇。”《汉书·司马迁传》说：司马迁“作七十列传：凡百三十篇，五十二万六千五百字，为《太史公书》。”《汉书·杨恽传》也说：“忠弟恽，字子幼，以忠任为郎，补常侍骑，恽母，司马迁女也。恽始读外祖《太史公记》......”
《太史公书》始被转称呼为《史记》，已经是在东汉后期的汉桓帝（年－年在位）以降了。比如，东汉末期的蔡邕（年－年）的《独断》卷上就说：“唐虞曰士官，《史记》名曰皋陶为理。”蔡邕这里所说，就是针对《史记·夏本纪》中的“皋陶作士以理民”一说所指。东汉末期的荀悦（年－年）在他的《汉纪·前汉孝武皇帝纪》中也云：“司马子长既遭李陵之祸。喟然而叹。幽而发愤。遂著《史记》。始自黄帝以及秦汉。为《太史公记》。”
荀悦的《汉纪》，将司马迁著作时而称之为《太史公记》，时而称之为《史记》。这说明，东汉末期，司马迁的著作名称，正处于从《太史公书》向《史记》这个名号转变时期，因此，此时的说法，十分混乱。到了魏晋时代以降，人们用《史记》替代称呼司马迁的《太史公书》的情况，就越来越多了，比如，《三国志·王肃传》中有一段魏景初年间（年－年）魏明帝曹叡与常侍王肃对话司马迁著作的文字，可知，在西晋的陈寿（年－年）著作《三国志》时，当时流传于世的司马迁的《史记》中都还没有“孝景本纪，孝武本纪”这两部重要的本纪。
那么，《史记》中的“孝景本纪，孝武本纪”是何时补上的呢？今人就不知道了。如果我们还相信陈寿的《三国志》是部信史的话，那么，我们今人就应该确信，至少在魏晋时代，司马迁的《史记》都还不是宋朝黄善夫版本的模样，也就不是我们今人所看到的《史记》模样。中国前四史中，《汉书》就只有隋末唐初的颜师古（年－年）一人所筛选整编出的注释本流传于后世，由于经过了颜师古精心对前人各式各样疏解文字的梳理整编。
因此，《汉书》的注释简洁明快，而且，颜师古还将他如何筛选整编各式各样的前人疏解文字的情况也都如实记载在了他的《汉书叙例》一文中，这让后人清楚了《汉书》注释和注释者的情况。《三国志》也主要就是南朝裴松之一人的疏解本流传于后世。但是，相比之下，《史记》和《后汉书》的注释文字和疏解家，那就很多了。特别是《史记》的注释文字和疏解家可谓是多如牛毛。一般而言，没有什么问题的史学著作，后世注释文字和疏解家就少，反之亦然。
这说明，《史记》的遗留问题，是很多的，否则，就没有那么多好事之徒去疏解和注释《史记》了。按照《史记·太史公自序》中的说法，司马迁的《太史公书》正本，他留在了家乡韩城，副本遗留在了京师图书馆中。通过《汉书·艺文志》可知，司马迁的说法是可信的。因为，不仅西汉末期的刘歆依据国家图书馆收藏资料而编著《七略》类书的时候，他明确收录了司马迁著作的一百三十篇的《太史公书》，甚至还收录了冯商续作《太史公》七篇，《汉书·艺文志》就是按照刘歆的《七略》书目编著的。
只不过，刘歆编著的《七略》可能全部都毁于新莽败亡时的长安战火之中了，今人只能通过《汉书·艺文志》了解到刘歆的《七略》书目。但是，《七略》的书目是怎么样遗留下来的？《七略》书目又是怎么样到了《汉书》编撰者的班彪、班固父子手中的？这也是我们后面要讨论谁是《汉书》的真正作者的疑问之一。司马迁去世后，他的外孙杨恽于汉宣帝时代一度在社会上宣布《太史公书》，《汉书·司马迁传》里所说的“稍出”，应该是指意的部分司马迁著作的问世。
因为，尽管现在的考古学已经证明可能在西汉的汉景帝和汉武帝时代，就已经有了纸张，但是，由于当时的纸张非常稀少和极其昂贵，《太史公书》应该还是体积庞大的竹简书籍，司马迁外孙的杨恽不可能拿着全本的《太史公书》对外宣布。而且，杨恽的死因，颇为蹊跷，这是否与他生前热衷于“宣布”他的外祖父司马迁的《太史公书》有关系呢？
杨恽因为过去与臣僚们有隙，在汉宣帝神爵年间遭贬为平民，约在前56年的汉宣帝五风二年左右，杨恽的侄子、当朝的典属国杨谭打听到有被贬者又被汉宣帝重新启用的情况，他就告诉了叔父杨恽这个消息。因为杨恽与前左冯翊韩延寿的关系很好，五风元年冬，韩延寿遭遇萧望之等高官陷害而被汉宣帝处死，杨恽因此对汉宣帝有怨言，他在听闻侄子告诉他的朝廷重新启用过去罪吏的消息之后，可能与友人河西太守孙会宗通信时说了些牢骚话，后被人告发。
就因为这点事，汉宣帝不仅处死了杨恽，还免官了杨恽朋友的朝廷重臣未央卫尉韦玄成、京兆尹张敞及河西太守孙会宗等，杨恽的侄子、二千石高官典属国的杨谭也被贬为庶人，汉宣帝甚至还流放了杨恽的妻子儿女去酒泉。纵观汉宣帝一生的作派，汉宣帝肯定不是个偏听偏信的暴君，更不是个好以言治罪的帝王，但是，为何汉宣帝对杨恽案的处分是如此小题大做呢？其甚是可疑！这之中，会不会与当时的朝廷严禁传播司马迁的著作有关系呢？因为没有明确史载，我们就只能存疑这个问题了。
这里需要说明一点的是，以上史载之中杨恽所说的“县官”，应是指意的汉宣帝和当权者的意思，可能这是当时朝野给予勤政的汉宣帝的绰号。司马迁死亡后，西汉王朝的官方是不准许《太史公书》和一些诸子之书流传于社会之中，这是有明确史载的。比如，汉成帝时代，汉成帝的叔父东平王刘宇求看朝廷图书馆中所收藏的《太史公书》副本，当汉成帝征询当朝权贵大司马大将军王风的意见时，被王风严词拒绝。
这段王风与汉成帝之间的对话，充分反映了当时的官方对《太史公书》的评价和处置态度，史载：刘宇“后年来朝，上疏求诸子及《太史公书》，上以问大将军王凤，对曰：“臣闻诸侯朝聘，考文章，正法度，非礼不言。今东平王幸得来朝，不思制节谨度，以防危失，而求诸书，非朝聘之义也。诸子书或反经术，非圣人；或明鬼神，信物怪；《太史公书》有战国纵横权谲之谋，汉兴之初谋臣奇策，天官灾异，地形厄塞：皆不宜在诸侯王，不可予。......天子如凤言，遂不与。”