“秦始皇的生父是吕不韦”这一史实，在司马迁的《史记》《吕不韦列传》一篇中，有明确记载：吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。子楚遂立姬为夫人。也就是说，赵姬是在怀有身孕后，被献给子楚的。后来赵姬孕期至，生下男孩，取名为“政”。《秦始皇本纪》中也有这样的记载：庄襄王为秦质子於赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。以秦昭王四十八年正月生於邯郸。及生，名为政，姓赵氏。年十三岁，庄襄王死，政代立为秦王。
很显然，《史记》中的这两段记载相互吻合。那么，按照司马迁的观点，秦始皇的生父就是吕不韦。
但有很多学者，对《史记》的记载表示怀疑，他们认为：秦始皇的生父是庄襄王而不是吕不韦，《史记》中的记载，是“爱国者”司马迁出于巩固维护汉朝权威，去刻意抹黑丑化秦始皇，从而证明秦不正统、汉取秦而代之名正言顺。故而，司马迁《史记》中的记载前后矛盾、不科学。
持反对意见的学者们，大致有这几方面的质疑，我觉得都站不住脚。
学者们的第一个质疑，从对《史记》《吕不韦列传》一篇中“大期”一词的解读得出
《史记》中记载：姬自匿有身，至大期时，生子政。质疑者认为：所谓“大期”，是指十二个月，也就是说，赵姬与子楚相遇时已怀孕两个月，而之后十个月生下了秦始皇。怀胎十二个月不科学，应该是十个月。所以赵姬见到子楚之前没怀孕，而是见到子楚之后才怀孕，十个月后生下秦始皇。
这第一个质疑，属于咬文嚼字和文义理解范畴。现在民间也有“大日子”的说法，意思是指“孕妇的肚子已经很大，马上就快生产了”。而《史记》中“大期”的说法，与此类似，是指“怀胎十月，产期该至”。而结合上下文，我们可以知道：“姬自匿有身，至大期时，生子政”，这个“大期”，不是自赵姬与子楚相见开始，而是从“吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身”时开始。所以，《史记》里的描述，不存在怀胎十二个月而生子政的矛盾和不科学。
学者们的第二个质疑，是说“别的史书、就连《战国策》中都没有秦始皇身世的这段记载，独《史记》有记载，纯属一家之言，不足信”
仔细品味，这质疑有点牵强。《史记》被归为正史，位列二十四史之首，其地位要多少超过《战国策》。而且，一个有记载，一个没记载，这并不矛盾。难道《史记》中的史实，必须要经过其它史书验证才算是真的么？那我们干脆把这本“史家之绝唱”束之高阁好了！
学者们的第三个质疑，是说“子楚身为秦国王子，一定会特别注重王室血统纯正问题，所以，他一定是确定赵姬没怀孕之后，才和她在一起的”
这个质疑也站不住脚。首先，子楚是秦王庶出的孙子，其母亲夏姬不受安国君宠幸，在安国君的二十多个儿子里，子楚居中，亦“不甚见幸”，所以才被送往赵国做质子。这期间，秦国又多次攻打赵国，所以“赵不甚礼子楚”。吕不韦见到子楚时，子楚“车乘进用不饶，居处困，不得意。”那个时候，对于子楚来说，能够吃饱穿暖、有个女人暖床，已是求之不得的了，哪有闲暇考虑什么血统问题？没有吕不韦的帮助，他对自己能不能活着回秦国都没把握，哪还会考虑秦国王室血统纯不纯正问题？
其实，大家对“秦始皇生父是吕不韦”的质疑，本质上是对《史记》真实可靠性的质疑，是对司马迁人品和学术的质疑。关于《史记》的权威性与历史地位，历朝历代文墨大家都不乏褒奖之词，不做赘述。对司马迁的人品和学术，也没资格妄加评论。但有一点，可以从司马迁的遭遇和文字中感受得到：他对社会和主流思想不满；司马迁把撰写《史记》，视为重于生命的第一要事。如此看来，司马迁是不会因为对汉朝充满无限的“忠心和热爱”，而去无凭据地抹黑秦始皇、降低《史记》学术标准的。