儒家思想在汉代成为中国封建统治者弘扬的正统思想，司马迁本人对孔子也是极其推崇，为孔子作世家，又为七十弟子作传。可以说，儒家思想保证了中华文明的延续，即使后世的少数民族入主中原，也常把自己作为孔子思想的继承者来宣传。当然，凡事有利有弊，儒家思想的消极影响也不容低估，这些在司马迁的“儒林列传”中已现端倪。
司马迁也承认孟子五百年而有圣人出的理论，并以孔子为五百年前圣人的楷模。司马迁说自己在阅读文献时，总是废书兴叹，感慨周室衰而《诗经》作，周朝到幽、厉时王道衰微，所以礼崩乐坏，诸侯恣意妄为，诸侯大国靠武力发号施令。因此孔子感时而编定诗书，恢复礼乐。然而孔子周游列国皆不遇，至获麟而叹，曰“吾道穷矣”。
孔子根据鲁史编撰《春秋》，辞微而指博，为后世学者所推重。孔子去世后，七十弟子散游诸侯，成就大者为诸侯师相，小者教友士大夫，亦有隐居不仕。子路居卫，子张居陈，澹台子羽居楚，子夏居西河，子贡终老于齐。田子方、段干木、吴起、禽滑釐等人，都曾受业于子夏等，为王者师。齐国威、宣之时，有孟子、荀卿等人，继承孔子事业且发扬光大。
秦始皇焚书坑儒，儒家典籍从此残缺。陈胜起义，鲁地儒生们携孔氏礼器前去投奔。孔子八世孙孔鲋为陈胜博士，后与其俱死。陈胜出身低微，部下多半是乌合之众，不到半年就灭亡了。然而缙绅先生却愿携礼乐之器前去投奔，这是因为秦朝摧残文教引起他们的愤恨。
楚汉战争后，项羽已死，刘邦举兵围鲁，而鲁国儒生们仍诵习礼乐，弦歌之声不辍，这是圣人之遗化。齐鲁之间重视文教，所以入汉之后，儒学首先复兴于此。叔孙通入朝，为皇帝制定汉廷礼仪，官至太常，一同参与制定礼仪的儒生弟子，也都被选为朝官，于是人们喟然感叹，心向儒学。然而时局未定，战争频起，朝廷还没有特别重视文教礼乐。
汉惠帝、吕后时，公卿大臣多是开国功臣，儒生不得高位。汉文帝时稍稍起用儒生为官，但守旧势力依然强大，如贾生不得安身于朝堂之上。孝文帝本爱刑名之说，不重儒生，及至景帝，亦不用儒生。当时的统治者，包括窦太后等都更好黄老之学，与民休息，因此朝廷上所谓的博士只是具官待问，未有进者。
汉武帝继位后，赵绾、王臧等人深明儒学，天子也对儒学心向往之，于是朝廷征召贤良方正文学之士，《六经》从此复兴。讲《诗》的有三家，鲁有申培公，齐有辕固生，燕有韩太傅。——毛诗后出，且后来居上，是为四家诗。讲《尚书》的有济南伏生，讲《礼》的有鲁地高堂生。讲《春秋》的于齐鲁有胡毋生，于赵地有董仲舒。武安侯田蚡为相时，绌黄老刑名等百家之言，延请文学儒者数百人。至公孙弘竟因《春秋》以白衣为三公，封平津侯。
公孙弘曾为博士，拜相后上书阐述礼乐的重要性，并建议从京城到地方普遍建立学校。建议为博士官置弟子五十人，免除赋税徭役，让太常选择百姓中十八岁以上之优者补为博士弟子。地方官也要举荐人才，考察合格者可赴京师太常处，受业如博士弟子。这些人要定期考试，成绩好者可任用为郎中，不合格者要罢斥惩处。从此以后，公卿大夫和士吏中文学之士日渐增加。
《六经》之学中，首推《诗经》。汉高祖过鲁时，鲁地学者申公曾随其师见刘邦于南宫。吕后时，申公游学长安，与刘郢同学于浮丘伯门下。刘郢即后来的楚元王，他又聘请申公给自己的太子刘戊当老师。而刘戊素不好学，并恨恶申公，四年，刘郢薨，刘戊立为楚王，胥靡申公。申公耻之，后来回到鲁国，退居家中教书，终身不出门，谢绝宾客，唯有鲁恭王刘余召之才肯前往。
远近慕名而到申公处求学的弟子有百余人。申公教授《诗经》，只讲解词义，有疑处则阙而存之，不强作传授。兰陵人王臧学《诗》于申公，在汉景帝时为太子少傅，后免官离朝。汉武帝刚即位时，王臧又上书请求入值宿卫，官职累迁，一岁而为郎中令。代人赵绾也曾受业于申公，官至御史大夫。
赵绾、王臧欲尊崇儒学，想建造明堂朝会诸侯，他们为说服皇帝就举荐申公。武帝派使臣携束帛玉璧，安车驷马迎请申公。申公年老，已经八十多岁，他拜见武帝时，武帝向他询问之乱之事，申公说：“为治者不在多言，顾力行何如耳。”武帝默然不乐，但已召申公，遂拜为太中大夫，住在鲁邸，商议修建明堂的事宜。窦太后（太皇太后）好黄老之学，不喜欢儒术，她在皇帝面前指斥赵绾、王臧的过失，武帝只好停止商议建造明堂的事情，并把赵绾、王臧治罪，后二人皆自杀。申公也以病免官返回鲁国，数年后去世。
申公弟子中为博士者有十余人，其中孔安国官至临淮太守，周霸官至胶西内史，夏宽官至城阳内史，砀鲁赐官至东海太守，兰陵人缪生官至长沙内史，徐偃官至胶西中尉，邹人阙门庆忌官至胶东内史。他们治官理民皆有廉节，以好学被人称道。其他的学官弟子，品行虽参差不齐，但官至大夫、郎中和掌故的也有百余人。他们受业的《诗经》虽有不同，但大致皆本于申公。