司马迁受宫刑的原因是不是就只因为“沮贰师”与“诬上”呢？还不是，还有更长远、更为汉武帝难以说出的原因，这就是司马迁的写《史记》。《史记》中有许多进步的，但是不能为当时所容的观点，如肯定秦王朝的历史功绩，同情汉朝酷吏统治下爆发的农民起义，不为汉朝统治者歌功颂德，敢于褫（chǐ）去他们借以吓人的神圣外衣等。
司马迁剧照司马迁有一种“不虚美、不隐恶”，敢于坚持实理，敢于秉笔直书的精神，他批判了汉帝国的黑暗面，揭穿了当时那些“圣君贤相”们的种种隐私，表现了他对当时那种儒学装点下的酷吏政治的反感，如此等等。这些都是不能被汉武帝以及他所宠用的那些将相们所容的。
司马迁话剧剧照据《西京杂记》记载：“司马迁作《景帝本纪》，极言其短，及武帝之过，帝怒削而去之，后坐举李陵降匈奴，下迁蚕室。有怨言，下狱死。”裴骃《史记集解》引东汉卫宏《汉书旧仪注》也说：“司马迁作《景帝本纪》，极言其短，及武帝过，武帝怒而削去之。后坐举李陵，陵降匈奴，故下迁蚕室。有怨言，下狱死。”文字略同，可能即来自《西京杂记》。《三国志·王肃传》也有记载：“司马迁记事，不虚美，不隐恶，刘向扬雄服其善叙事，有良史之才，谓之实录汉武帝闻其述《史记》，取孝景及已本纪览之，于是大怒，削而投之，于今此两纪有录无书。后遭李陵事，遂下迁蚕室。”《后汉书·班彪传》载班彪《史记后传略论》曾说：“其论述学，则崇黄老而薄五经；序货殖，则轻仁义而羞贫穷；道游侠，则贱守节而贵俗功，此其大敝伤道，所以遇极刑之咎也。”这意思说白了就是司马迁这个太耿直，不虚伪，不会“办事”等等，这些都是汉、魏时人的看法，说得再明白不过了，原来所谓李陵事件，只不过是被汉武帝抓住的一个借口而已。所谓“沮贰师”与“诬上”，还只是碰到了汉武帝的部分问题，而写《史记》则是涉及到了汉朝统治集团更广泛、更深刻的问题。机会碰巧了，宿怨新愆一齐发作，于是最高统治者就下了毒手。
汉武帝剧照不过话又说回来，汉武帝第一次既然怒不可遏地处司马迁以严刑，为什么又要让他当中书令呢？中书令任职于宫中，它虽然不像班固所说的那么“尊宠任职”，但也绝不像司马迁自己所说的是“为扫除之隶”。他为皇帝掌管文书，起草诏令，位置还是相当重要的。汉武帝为什么偏要把一个被他惩罚了的人放在身边，难道他就不就心什么吗？
这其实也是有原因的：
一、强大的封建帝国正处于极盛时期，统治巩固，不怕一个小文人造反；
二、司马迁两世史官，负有一定声名，处以宫刑，警告他要老实点，再示优遇，可以显示雄主的旷大之怀；
三、司马迁富有才华，可供驱使，受过宫刑，正合出入禁苑，两者兼备的人正自难找；
四、放在身边，便于监督考察，这恐怕又是汉武帝为其他一切孱弱皇帝所永远不可企及的一种“雄才大略”吧！