《史记》是由司马迁撰写的中国第一部纪传体通史。记载了上自上古传说中的黄帝时代，下至汉武帝元狩元年间共多年的历史（哲学、政治、经济、军事等）。司马迁，生于公元前年，字子长，是西汉著名史学家。虽因李陵败降之事而受到宫刑，但他耗其一生心血完成历史巨著——《史记》。
《史记索隐》是由唐代史学家司马贞撰写。由于《史记》经过近年的流传，其中有些问题比较矛盾，所以司马贞根据多部历史文献重新对《史记》进行了校勘，使一些书目得以流传下来，保存了丰富的历史文献。司马贞生于公元年。
根据《三皇本纪》所讲，三皇是指伏羲、女娲和神农。伏羲和女娲都是蛇身人首，神农是人身牛首，他们都是神，不是人。而五帝在史记记载中是人，充满人性，五帝时代是中华文明的起源期。
我们由此产生一个疑问，为何《史记》中没有记载有关三皇的故事？
就像司马迁自己所讲，他编写的《史记》，选择的内容都是确实可靠的，而没有记载那些不确实的传说。三皇不是人而是神，所以司马迁可能没有把神话当作历史来写入《史记》中。多年前的历史学家司马迁治学严谨的态度值得我们佩服。
司马贞在编撰《史记索引》时，补写了《三皇本纪》，可能有以下几点原因：
1、时代必要性
关于三皇五帝的名称，从后世的史学资料来看，很多史学家的观点是不一致的，甚至相对立。比如西汉孔安国和东汉的郑玄观点相左。所以到了唐朝，司马贞就把流传的传说进行了体系化的整理，并根据其他历史资料进行了论证。同时也说明，当时的人们已经开始关心人类的起源和自己祖先的问题。
2、完善结构性
根据《史记》记载，开篇的《五帝本纪》中讲到，神农氏的后代已经衰败，各诸侯互相攻战，诸侯都尊奉轩辕做天子，取代了神农氏，这就是黄帝。《史记》中并没有详细交代神农氏的情况和来历，所以司马贞认为有必要交代清楚，故写了《三皇本纪》，把《史记》整个结果补充完善。
3、流传广泛性
从考古学家出土的文物来看，伏羲和女娲经常见于汉代以后的画像石和墓葬壁画之中，伏羲执矩，女娲执规，两者都是蛇身人首。这说明作为民间的信仰，在汉代以后有了重要的地位。我想这可能是司马贞补写的第三个原因。