轩辕之时，神农氏世衰。诸侯相侵伐，暴虐百姓，而神农氏弗能征。于是轩辕乃习用干戈，以征不享，诸侯咸来宾从。而蚩尤最为暴，莫能伐。炎帝欲侵陵诸侯，诸侯咸归轩辕。轩辕乃修德振兵，治五气，蓺五种，抚万民，度四方，教熊罴貔貅貙虎，以与炎帝战于阪泉之野。三战，然后得其志。蚩尤作乱，不用帝命。于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。而诸侯咸尊轩辕为天子，代神农氏，是为黄帝。——《史记·五帝本纪》
大致意思是：在黄帝那个时代，原先的天下盟主神农氏已经衰落了，各个部族互相攻伐，神农氏无能为力，于是黄帝崛起，平息干戈。这个时候炎帝欺凌诸侯，那些诸侯因为害怕炎帝，所以都归附到黄帝麾下，黄帝通过一系列的政治军事操作，在阪泉之野战胜了炎帝，之后又有蚩尤作乱，黄帝在涿鹿之野擒杀了蚩尤，最后黄帝取代神农氏成为天下新的盟主。
如果按传统的注解去解读，将炎帝等同于神农氏，那么，问题就来了。
开篇就已经交代“神农氏弗能征”，后面怎么就又能“炎帝欲侵陵诸侯”呢？即使神农氏还能征伐，那么作为“天子”的炎帝，因为“诸侯相侵伐，暴虐百姓”而征伐他们是合情合理的，无论如何不该称之为“侵陵诸侯”。
那么，黄帝的行为又算什么？作为“天子”的炎帝征伐叛乱的诸侯，黄帝跳出来联合诸侯打败了炎帝，这不是明目张胆地造反是什么？何以还能如此理直气壮呢？
熟悉《史记》的朋友应该都知道，《史记》的核心原则之一就是“政治正确”，所以相比于《左传》，其避讳的事情要多得多，太史公不可能写出如此缺乏逻辑且大逆不道的事情来。
涿鹿之战（图片来自网络）那么，问题出在哪？
事实上，这个故事原本讲的还是清晰的，但一经后世学者注解，就一塌糊涂了，主要的问题就出在对炎帝和神农氏的整合上。
无论是裴骃的《史记集解》还是张守节的《史记正义》，都引用了皇甫谧的《帝王世纪》之说，有：“神农氏，姜姓也。母曰任姒，有蟜氏女，登为少典妃，游华阳，有神龙首，感生炎帝。人身牛首，长於姜水。有圣德，以火德王，故号炎帝。”
《帝王世纪》本是私人所著野史，多载荒诞之说，以此书所载来注解《史记》，这不是负责任的治学态度，但偏偏是这种不负责之说能传承于世，而真知灼见倒是湮没无闻，这也是中国传统文化传承中的一个普遍现象，所以说，中国的传统文化不乏精华，但需要从糟粕堆里挑出来。
虽然《帝王本纪》多载荒诞之说，但让其背炎帝与神农氏整合这个锅还是有些冤的，因为可查到的最早整合炎帝与神农氏的文献其实是《汉书》。
《汉书·律历志》有：“炎帝《易》曰：“炮牺氏没，神农氏作。”言共工伯而不王，虽有水德，非其序也。以火承木，故为炎帝。教民耕农，故天下号曰神农氏。”
按《汉书》的说法是：共工是炎帝，因为教民耕农，故被称之为神农氏。
共工为炎帝是接近于真相的，《山海经》里有相关记载，但“故天下号曰神农氏”就属于创造了，此前的文献皆无此说。
那么，我们回过头来再读《史记·五帝本纪》，将炎帝和神农氏拆开来理解就清晰明了了。
在《史记》里，黄帝自始至终都是以正义的化身，“于是轩辕乃习用干戈，以征不享，诸侯咸来宾从。”也就是说，黄帝“习用干戈”不是要造神农氏的反，而是因为神农氏解决不了问题他才出头的，这相当于老大不行了，他的一个小弟替他出头收拾局面，这个“小弟”就是黄帝。
那么，诸侯为什么要追随黄帝呢？因为他们有共同的敌人，这个共同的敌人就是炎帝和蚩尤。然后才是黄帝先后打败了炎帝和蚩尤：“以与炎帝战于阪泉之野，三战，然后得其志。蚩尤作乱，不用帝命。于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。”
在《史记》里，炎帝就是炎帝，神农氏就是神农氏，《史记·封禅书》里有“神农封泰山，禅云云；炎帝封泰山，禅云云；黄帝封泰山，禅亭亭”，这个先后顺序很清晰，炎帝就是介于神农和黄帝之间的一个重要首领，封禅泰山不一定真实，但至少说明《史记》不认为神农是炎帝，到了《汉书》才将二者合为一体，后世延续的就是这个说法。
也就是说，“炎帝神农氏”这一概念是汉代才出现的，但不早于《史记》，不晚于《汉书》。
总之，在太史公著《史记·五帝本纪》的时候，清楚地交代了神农氏与炎帝的敌对关系，当然，这是《史记》的立场，其所载之事并一定就是真相，但至少说明，神农氏与炎帝被整合是较晚的事情。