尽管在《史记》之前，已经出现了《尚书》《春秋》《国语》，甚至出现了成熟的编年体史书《左传》，然而后世史家最崇奉的，却不是这些更古老的作品；相反，是《史记》创立的纪传体，成为历代正史的标准体例。
之所以影响如此深远，除了司马迁超凡的史识和文笔之外，其创立的纪传体体例，无疑是最重要的原因之一。正如清儒章学诚所言：“自《隋·经籍志》著录，以纪传为正史，编年为古史，历代依之，遂分正附，莫不甲纪传而乙编年。则马、班之史，以支子而嗣《春秋》，荀悦、袁宏，且以左氏大宗，而降为旁庶矣。”之所以如此，是因为这一体例更为全面地包罗了人类历史的诸多侧面，适应了史学的发展。
首先，与早前出现的记言、纪事、国别、编年等以事为主的体例不同，《史记》的大部分“列传”，以及部分“本纪”“世家”，皆以人为主。从哲学意义上讲，这一体例突出了“人”的主体性，体现了“人”的历史核心地位。
从文学意义上讲，相较上述诸体以事为主，支离破碎的记录，以人为中心的叙述前后连贯，可以更好地刻画人物性格，大大增强了史书的文学性，使得《史记》赢得了“无韵之离骚”的美誉。
从史学意义上讲，这一体例大大扩张了史学的研究视野。虽然旧有体例间或也记载文化、风俗等内容，然就其主体而言，能通过纪事表现的往往只能是政治、军事人物。而在相对原始落后的社会里，值得记载且能够流传的历史事件较少，“国之大事，在祀与戎”，能被记下的往往只有政治、军事这些大事。旧有体例与当时的社会发展水平是相适应的，但随着社会的进步，在非政治、非军事领域作出重要贡献的人物越来越多，将这些人物摈于史书之外是非常不合理的。此外，随着少数民族与中原地区的交往日渐增多，其历史自然也成为史学家需要记录的内容。
纪传体史书的出现解决了这些问题。像东周诸子这些学者，屈原、司马相如这些文学家，扁鹊、仓公这些医者，都得以进入史书；而分布在中原地区周围的匈奴、两越、西南夷等诸少数民族的历史，也终于有了系统的记载。
事实上，即使是以纪事本末体为主的西方史学中，对于文学家、科学家、艺术家这些对社会影响深远但在政治上湮没无闻的人物，往往也只能采取传记的形式记录。不论如何，司马迁通过独特体例呈现的历史观告诉后人，历史学家面对史料也应有主体意识，历史本身和如何叙述历史并非一回事。《史记》也彰显了司马迁“究天人之际，通古今之变”的史学理想。
其次，典章制度以及社会风俗、思想文化，是旧有体例难以覆盖的又一部分重要内容。尽管《左传》《国语》也涉及了一些关于典章制度的内容，但皆浮光掠影，不成系统。毕竟史事虽与典章制度等有关，但想通过史事系统反映这些内容是不现实的。
《史记》所创造的“书”这一体例，完美地解决了这一问题。这些既难从事中反映、亦难在传人时体现却又无比重要的内容，终于在史书中有了依凭。尽管《史记》八书散佚了三篇，损失严重，然其体例为班固《汉书》继承，改名为“志”，对后世正史影响极深远。到后来“三通”与历代会要的出现，更将典章制度等的研究发扬光大。到了现代，随着社会科学的兴起与“人”的淡出，这部分内容更成为当今史学研究的核心。由是观之，“书”之设立可谓超越时代，体现了司马迁深邃的史学眼光。
第三，纪传体对编年体史书的优点进行了合理吸收。如钱穆先生所言，编年体吸收了早期的记言、纪事体的优点，而纪传体亦吸收了编年体的优点，“本纪”部分即是编年的。事实上，除了“本纪”以外，“表”也具有编年的要素，《史记》诸表皆依时叙事，更置“表”于“本纪”之后，其余诸体之前，其意甚明。书中的许多事件皆需依本纪与表来厘清脉络。可惜后来的史家对此理解得并不通透，继承得并不好。
以《汉书》为例，昭、宣时期对西域的经营是关乎汉匈战争成败的重事，其后匈奴降汉与此关系很大，然而在“纪”中竟几乎看不到这方面的记载，与连篇累牍的祥瑞记载恰成对照。至于“表”，大约是因为其费时费力，又易散佚，除了承袭《史记》而来的《汉书》，后世史书竟长期摈之不用，直至宋人编纂《新唐书》时才得以恢复，然其中编年之意已甚淡漠。好在编年体史书新高峰《资治通鉴》适时出现，在一定程度上弥补了这一缺陷。
第四，除编年体外，《史记》还吸收了《国语》《战国策》这类国别体史书的优点。这一点体现在“世家”这一体例上，对于叙述分封制下诸侯林立的情况，可谓不二之选。虽然自秦以后，分封制为帝制所代，以致此体例为班固《汉书》所弃，然在乱世之时，此体例又显现出意义。后世《晋书》《新五代史》记叙割据政权时，使用了“载记”这一体例，追根溯源，此即“世家”之变体。
第五，由于纪传体史书体例多样，内容繁杂，方便了史家通过编排篇目、内容来展现微言大义。如司马迁为项羽立“本纪”、为陈涉立“世家”，尊重他们的历史地位，体现了其不因政治因素而篡改历史事实的态度；为商人立《货殖列传》，体现了其重视商业的态度；《游侠列传》的设立，更有一抒胸中块垒之用意。后世班固等史家编排篇目亦多有此意。当然，此法不可用之太过，如后世欧阳修所著《新五代史》，即有重笔法而轻史实之讥。
《史记》创立了能够包容人类社会各方面活动的史书体例，其划时代意义难以估量。直到当代，白寿彝先生主编的《中国通史》，仍是参考纪传体史书之体例而作。由是观之，《史记》能够“庶子夺嫡”，成为乙部之祖，为历代正史所宗，自有其必然性。