《史记》构思由司马迁父亲司马谈所创，他有意沿《春秋》等书的路子，“接其后事，成一家之言”，但他刚开始修《史记》，就罹患重病，只得让司马迁完成其未竟之业。
服丧三年后，司马迁升为太史令，改完历法，就“绝宾客之知”进入到写作状态。好友李陵被俘打乱了他的宁静，司马迁在无旁证的情况下，贸然进言李陵是假降，加之平日“极言其短，及武帝过”。久积的矛盾让汉武帝怒不可歇，将他打入大牢，最终面对交赎金或接受宫刑时，司马迁因为贫穷只能忍辱负重选择宫刑。随着李陵的真降，使他成为狱吏重点虐待对象，“交手足，受木索，暴肌肤……见狱吏则头抢地”，其悲苦之状，让人不忍直视。
如果此时能给他带来一点慰藉的，那就是历史上那些历经磨难最终成功著书的人，文王被拘而演《周易》，仲尼尝尽困苦才写出《春秋》，史上名人遭遇成了支撑他活下去的精神粮食，所有的疼痛都可以用“述往事、思来者”来转移注意力。
如果肉体上的疼痛可以恢复，精神上的创伤却伴其终身，汉武帝大赦天下，司马迁出狱被任命为中书令，而他心中酸痛反而更大，朝廷宦官令人不齿的案例比比皆是，卫灵公和宦官雍渠同乘一车，孔子在一旁羞耻无比，汉文帝和赵同子同车，袁丝为之脸色大变……虽说被重新启用，基于史料司马迁看不到任何希望，以致精神恍惚，“居则忽忽若有所亡，出则不知其所往”，出狱四年后就这样被痛苦折磨致死。
幸运的是他完成了《史记》，用他的笔揭露了腐朽和丑恶，由他的笔写尽三千年是是非非，书中有他的“思垂空文以自见”，有他的愤慨和不满，但这部历经坎坷的书尽管作者大肆渲染武帝之过，尽管这部书被汉武帝狠狠地甩在地上，但最终这位把关者让他流传下来。