《史记》是司马谈、司马迁两代人共同完成的，这在古今中外历史上绝无仅有，司马迁父子用生命践履了《史记》传承的信仰。《史记》的历史哲学是对孔子、左丘明历史哲学的继承发展，对“春秋笔法”“微言大义”作了全面阐释。《史记》的历史哲学可分为三个层次：一、人的历史使命。二、历史是人道的演化。三、历史的变化有规律可循，记载历史是求道的过程。司马迁归结为：“究天人之际，通古今之变。”
首先，司马谈、司马迁创作《史记》的动力就是一种历史使命，这种历史使命的核心是“孝”。司马谈将“孝”的意义历史化，司马谈临终前拉着司马迁的手，泣曰：“余先周室之太史也。自上世尝显功名于虞夏，典天官事。后世中衰，绝于予乎？汝复为太史，则续吾祖矣。今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫，命也夫！余死，汝必为太史；为太史，无忘吾所欲论著矣。且夫孝始于事亲，中于事君，终于立身。扬名于后世，以显父母，此孝之大者。”（《史记·太史公自序》）这正是“孝”的本义。
人的历史是由父母与子女之间关系完成的，从远古一直延续到未来，父母与子女的关系就是历史的关系。人的历史是文化的历史，每一代人都是在前一代人的文化基础上创造新的文化，没有任何一代人可以逃脱这种历史关系。中华文化把这种父母与子女的关系定义为“孝”，明确“孝”是一种文化关系，《礼记·中庸》：“子曰：‘武王、周公，其达孝矣乎！夫孝者：善继人之志，善述人之事者也。’”历史是把祭祀理性化，“道德”、“孝”、“祭祀”、“历史”合为一体。“慎终追远，民德归厚矣。”
司马谈、司马迁父子之所以能共同完成《史记》也正是因为“孝”，司马迁不忘父亲的谆谆教导，继承了父亲的遗志。《史记·太史公自序》：“曰：‘于戏！余维先人尝掌斯事，显于唐虞，至于周，复典之，故司马氏世主天官。至于余乎，钦念哉！钦念哉！’”把“孝”延长到远古，并把它用文字叙述出来，就是《史记》。
其次，历史是人道的践履过程。人道是人的道德，即：人性、人情、智、仁、勇、诚、信、义、礼的演绎。对人道的阐释在先秦主要在《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》之中，所以“正《易传》，继《春秋》，本《诗》、《书》、《礼》、《乐》”就是探索人道演化的规律，意即“究天人之际，通古今之变”。“道德”、“人性”、“人情”、“智”、“仁”、“勇”、“诚”、“信”、“礼”等等都是对人的内心和具体行为的抽象，虽然《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》已经把用语言把人道的演绎分类具体化，但这些语言依然是对生活的一种抽象，是一种“空言”。如果不能对生活有深刻的理解，很难理解这些“空言”。生活是具体的，鲜活的，非语言的。离开书本看看周围的世界，就可以清晰地感受到非语言的生活。人道的演绎是体现在生活之中的，生活是人的活动，通过对人的活动的叙述可以更深切著明地表现人道的演绎。
人离不开社会，政治是人的生活方式，理想的政治是人与人和谐地生活在一起。但现实的政治并不总是处于和谐的状态，通过历史可以得知政治的兴衰与得失。《史记·太史公自序》：“王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事。”“春秋之中，弑君三十六，亡国五十二，诸侯奔走不得保其社稷者不可胜数。察其所以，皆失其本已。故易曰‘失之毫厘，差以千里’。故曰‘臣弑君，子弑父，非一旦一夕之故也，其渐久矣’。故有国者不可以不知春秋，前有谗而弗见，后有贼而不知。为人臣者不可以不知春秋，守经事而不知其宜，遭变事而不知其权。为人君父而不通于春秋之义者，必蒙首恶之名。为人臣子而不通于春秋之义者，必陷篡弑之诛，死罪之名。”
历史是一个演化的过程，而生活是当时的，当时的生活不可能体验到漫长的历史演化，通过历史才能知道人道演化的规律。事物的变化在现实生活中看上去非常微小，几天或几年的变化，不足以引起社会的巨大变革，但历史告诉我们“积善之家必有余庆，积不善之家必有余殃。臣弑其君，子弑其父，非一朝一夕之故，其所由来者渐矣，由辩之不早辩也。”所以，“君子慎始，失之毫厘，差以千里。”通过历史可以知道现实些微变化的危险所在，才能防微杜渐。否则，必然会召来罪恶和灾难。
最后，历史的变化背后有规律可循，记载历史是一个求道的过程，“究天人之际，通古今之变”。在西方哲学中，历史和哲学有一种矛盾。历史是偶然的，是对流变的现实世界的真实记录；哲学是必然的，是对永恒之物的认识。中国文化则认为永恒存在于流变的现实世界之中，在历史中可以看见道德的演变，也只有在历史中才有足够的时间尺度完成演变的过程，历史在记录流变的生活时，也表达出永恒的哲学。
《史记·天官书》：“夫天运，三十岁一小变，百年中变，五百载大变；三大变一纪，三纪而大备：此其大数也。为国者必贵三五。上下各千岁，然后天人之际续备。”因此，历史是一种理论，《史记》也是一种理论的完成，司马迁最终完成了“成一家之言”的理想。创立独立史学的理想可能最早来自父亲司马谈。司马谈对阴阳、儒、墨、名、法、道德等学说进行过总结，各分析了其利弊，提出“天下一致而百虑，同归而殊涂。”从《史记》的内容，我们可以看出司马迁集百家之长融为一体的志向。《史记·太史公自序》：“以拾遗补艺，成一家之言，厥协六经异传，整齐百家杂语。”
理论是对事物的道理的认识，关于历史的理论是对人道的认识。这种认识是通过语言叙述出来的，中国历史有其独特的叙事方式。历史是人的历史，人物就是历史的主角，历史的演变是以人物活动为主线叙述的。人物活动包括言行两部分，当时的言行都会随时间而消失，这两部分对于后人而言都只存在于语言之中。所以古代史官的责任就是随时记录重要的言行，“动则左史书之，言则右史书之”。这种叙事方式如同自传，历史本来就是人类的自传，任何阅读历史的人都可以把历史理解为自己成长的经历。
历史是以兴衰得失为意义进行的演绎。历史是人的历史，必然以人的价值观为意义进行演绎。人的价值观以善恶为标准，在中国哲学中，善恶可以具体到智、仁、勇、正、义、诚、信、礼等标准。仁义诚信就是善，不仁不义就是恶。这种叙事方式其目的是为后人总结经验教训，让子孙后代能更好地生活。
此外，历史是一种抽象，对生活的抽象。《史记》有五十余万字，这五十余万字是对三千年中国文明史的抽象。“抽象”一词来源于《周易》，八卦的卦象、卦名、卦辞都是对事物的抽象，《周易·系辞上》：“圣人有以见天下之赜，而拟诸其形容，象其物宜，是故谓之象。”孔子的《春秋》借鉴了这种抽象方式，《史记》的叙事方式结合了《春秋》和《左传》，形成了一种新的演绎方式。《史记》的时间序列不再是一种均衡排列，而是根据历史事件的价值和演变进行划分和排序，并用简短的语言进行命名。例如：“维昔黄帝，法天则地，四圣遵序，各成法度；唐尧逊位，虞舜不台；厥美帝功，万世载之。作五帝本纪第一。”这一部分类似《春秋》，是全书的纲领。然后分章节对纲领进行详细叙述，这部分类似《左传》。在内容上，因为《史记》追求“厥协六经异传，整齐百家杂语。”所以更加丰富，更像今天的百科全书。例如《史记》载有八书：礼书，乐书，律书，历书，天官书，封禅书，河渠书，平淮书。其中，平准书是中国历史上第一部记载金融演变的著作，“维币之行，以通农商；其极则玩巧，并兼兹殖，争于机利，去本趋末。作平准书以观事变，第八。”