商鞅准备变法，新法法令公布前，他怕百姓不相信，就在国都市南门竖起一根三丈长的木头，下令说如果百姓中有人能把木头搬到北门就赏十金。百姓们觉得这件事很奇怪，没人应募。商鞅又提高赏金说，能把木头搬到北门的人赏五十金。有一个人抱着试试看的心理做了，当场就得到了五十金，商鞅借此事表明令出必行，绝不欺骗，随后秦颁布新法。
新法施行一年，秦国老百姓议论新法不便的人数以千计。这时，太子犯法，商鞅说，新法不能顺利推行，是因为自上犯之，应依法处罚。但太子是国君的继承人，不能施以刑罚，于是刑其傅公子虔，黔其师公孙贾。第二天，秦国人就都遵照新法了。新法推行十年，秦民大说，道不拾遗，山无盗贼，家给人足。民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治。当初说新法不便的百姓又都称颂新法，商鞅说，这些都是扰乱教化的人，尽迁之于边城。此后，百姓再没人敢议论新法了。
于是秦孝公任命商鞅为大良造，率军围魏国安邑，降之。居三年，秦国在咸阳建筑宫阙，把国都从雍地迁到咸阳。行之四年，公子虔又违犯新法，被商鞅判处劓刑。居五年，秦国富强，周天子赐祭肉给秦孝公，各诸侯都来祝贺。
齐、魏两国发生大战，齐军在马陵打败魏军，俘虏了魏国的太子申，射杀了魏国将军庞涓。商鞅对秦孝公说，秦和魏的关系，就像腹心之疾，不是魏兼并秦，就是秦吞并魏。魏国与秦国以黄河为界而独据崤山以东，形势有利就可以西侵秦国，不利就向东扩张。现在魏国被齐国打得大败，诸侯都背叛了魏国，可以趁此机会攻打魏国。魏国抵挡不住秦国，必然要向东撤退。这样，秦国就可以占据黄河和崤山之险，然后东向控制山东各国，这是统一天下的帝王伟业。
秦孝公认为商鞅分析得很有道理，就派商鞅率领军队攻打魏国。魏国派公子卬领兵迎击。两军对峙，商鞅派人给公子卬送去一封信说，当初我与您相处得很愉快，如今你我却成了敌对两国的将领，我不忍心相互争斗，愿与您相见订立盟约，乐饮而罢兵，以安秦魏。公子卬相信了商鞅的话，于是前来会盟，结果被商鞅埋伏的士兵突袭俘虏，秦军趁机进攻，尽破魏军。
魏惠王兵数破于齐、秦，国内日空，土地日削，非常忧惧，于是割河西之地献于秦以求和。而魏遂去安邑，徙都大梁。梁惠王曰：“寡人恨不用公叔痤之言也。”商鞅既破魏还，秦封之於、商十五邑，号为商鞅。
商鞅相秦十年，宗室贵戚多怨望者。赵良见商鞅。商鞅曰：“鞅之得见也，从孟兰皋。今鞅请得交，可乎？”赵良曰：“仆弗敢愿也。孔丘有言曰：‘推贤而戴者进，聚不肖而王者退。’仆不肖，故不敢受命。仆闻之曰：‘非其位而居之曰贪位，非其名而有之曰贪名。’仆听君之义，则恐仆贪位贪名也。故不敢闻命。”商鞅曰：“子不说吾治秦与？”
赵良曰：“反听之谓聪，内视之谓明，自胜之谓强。虞舜有言曰：‘自卑也尚矣。’君不若道虞舜之道，无为问仆矣。”商鞅曰：“始秦戎翟之教，父子无别，同室而居。今我更制其教，而为其男女之别，大筑冀阙，营如鲁卫矣。子观我治秦也，孰与五羖大夫贤？”
赵良曰：“千羊之皮，不如一狐之掖；千人之诺诺，不如一士之谔谔。武王谔谔以昌，殷纣默默以亡。君若不非武王乎，则仆请终日正言而无诛，可乎？”商鞅曰：“语有之矣，貌言华也，至言实也，苦言药也，甘言疾也。夫子果肯终日正言，鞅之药也。鞅将事子，子又何辞焉！”
赵良曰：“夫五羖大夫，荆之鄙人也。闻秦缪公之贤而愿望见，行而无资，自鬻于秦客，被褐食牛。期年，缪公知之，举之牛口之下，而加之百姓之上，秦国莫敢望焉。相秦六七年，而东伐郑，三置晋国之君，一救荆国之祸。发教封内，而巴人致贡；施德诸侯，而八戎来服。由余闻之，款关请见。”
“五羖大夫之相秦也，劳不坐乘，暑不张盖，行于国中，不从车乘，不操干戈，功名藏于府库，德行施于后世。五羖大夫死，秦国男女流涕，童子不歌谣，舂者不相杵。此五羖大夫之德也。今君之见秦王也，因嬖人景监以为主，非所以为名也。相秦不以百姓为事，而大筑冀阙，非所以为功也。刑黥太子之师傅，残伤民以骏刑，是积怨畜祸也。教之化民也深于命，民之效上也捷于令。今君又左建外易，非所以为教也。君又南面而称寡人，日绳秦之贵公子。”
“《诗》曰：‘相鼠有体，人而无礼，人而无礼，何不遄死，以《诗》观之，非所以为寿也。公子虔杜门不出已八年矣，君又杀祝欢而黥公孙贾。《诗》曰：‘得人者兴，失人者崩。’此数事者，非所以得人也。君之出也，后车十数，从车载甲，多力而骈胁者为骖乘，持矛而操阘戟者旁车而趋。此一物不具，君固不出。”
“《书》曰：‘恃德者昌，恃力者亡。’君之危若朝露，尚将欲延年益寿乎？则何不归十五都，灌园于鄙，劝秦王显岩穴之士，养老存孤，敬父兄，序有功，尊有德，可以少安。君尚将贪商于之富，宠秦国之教，畜百姓之怨，秦王一旦捐宾客而不立朝，秦国之所以收君者，岂其微哉？亡可翘足而待。”商鞅不听。
五个月后，秦孝公去世，太子即位。公子虔等人告发商鞅谋反，朝廷派人去逮捕商鞅。商鞅离开秦国潜逃到魏，魏国人怨恨他欺骗公子卬而打败魏军，拒绝收留他。商鞅只得再回秦国，潜到他的封地商邑率部属发兵，准备北攻郑国以谋生路，秦国出兵攻打商鞅，把他杀死在郑国渑池。秦惠王下令把商鞅车裂示众，并诛灭了商鞅全家。商鞅虽死，但他制定的法令都保留了下来，奠定了秦国强盛的基础。
司马迁在《史记》中认为商鞅天性是残忍少恩的人，并因此遭到被杀的命运。其根据是商鞅当初用帝王之道游说孝公，而不是用仁义王道；靠国君身边的宠臣推荐而受任用；掌权之后又惩罚太子的老师；在战争中利用欺骗手段俘虏了魏国将军等等。其实，这些都不是根本原因，商鞅之所以被杀不是因其性格，而是中国历来的改革都面临着难以想象的阻力。利益受损者，尤其是权贵一有机会必然要反攻倒算。刻薄残忍少恩的不是商鞅，而是那个时代和以后历代的君主们。
商鞅墓，又名商君墓，位于今陕西省合阳县城东23公里处的洽川镇风景名胜区秦驿山脚下。今陕西商洛市即是公元前年秦封给商鞅的封邑，商洛市最大的广场名为商鞅广场，也是陕西省的第二大广场。广场中心有大型主题城市雕塑“商鞅”，是商洛市的著名地标之一。