司马迁的《史记》是纪传体史书的集大成者，对中华文化影响深远。《报任安书》是司马迁所写的又一名篇，并在语文课本上登出。报任安书中表达的一个史学家通古今之变，成一家之言的为往圣继绝学的宏大志向，是激励中华文化人的重要一笔思想遗产。
正史中关于司马迁的卒年没有明确记载，甚至关于司马迁是否善终都是一个谜团。在《史记集解》中引述了东汉学者卫宏的《汉旧仪注》的说法：司马迁给汉景帝做本纪的时候，就说了很多老皇帝的短处还有汉武帝的过错，这让汉武帝很不爽。这是司马迁人生悲剧的起始根源。
后来因为李陵率领五千步兵在草原大战匈奴，所带弓弩全部射完，除了少部分突围全军覆没的大事件。因为司马迁跟李广家有过交集，司马迁仗义执言被汉武帝迁怒，下到蚕室受了宫刑。宫刑之后汉武帝感觉司马迁仍有怨言，直接打入大牢整死。葛洪的《西京杂记》也同样记载了司马迁是死于牢狱之灾。卫宏和葛洪都是当时的大学问家，而且距离司马迁死亡的时间还不算太长，因此可信度还是非常高的。
班固在《汉书》中记载司马迁在极刑之后，不能自保其身，仍然没有自然死亡。那么司马迁没有自保其身是因为死于并发症，还是死于政治牢狱则没有明说。其实汉书中记载司马迁受到宫刑之后，反而升迁为中书令，也就是皇帝秘书。
但是汉武帝晚年的一个重大政治事件：巫蛊之祸不久发生。皇后卫子夫的儿子与治巫蛊的使者江充发生矛盾，卫太子害怕武帝驾崩后权力交接问题双方展开血腥的政治斗争。太子起兵与丞相在长安城大战，历时九天。当时死于战乱的有数万人，太子兵败自杀，汉武帝迁怒卫子夫，逼迫卫子夫自杀。大批附和太子的大臣被杀，光流放的到敦煌的市民就有几十万。
当时作为皇帝秘书的司马迁跟随汉武帝从甘泉宫回驾长安城。正是因为这个时间节点记载，可以推断司马迁写了报任安书牵连到一系列政治事件而死于牢中，也就是太初四年。司马迁的好友任安就是巫蛊之祸的死难者，作为皇帝秘书的司马迁私下写信给任安，自然被牵连到谋反事件之中。上述历史正是汉书中所说的巫蛊之祸，流及士大夫的记载。汉书之所以没有明说，就是因为发生了巫蛊之祸这种触及到统治者的重大事件，只能隐晦的提及。
那么司马迁到底是死于为李陵说话并且做史记得罪了汉武帝死于牢狱之中，还是死于任安的巫蛊之祸牵连，还是活到了汉武帝刘彻死后，目前还没有定论。这要靠新的有力的历史材料或者出土文物才能获得进一步的答案了。